Examen bactériologique des selles

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Examen majeur de la médecine tropicale et des voyages, l'examen bactériologique des selles (EBS) est souvent trop ou mal prescrit.

Pratique de laboratoire

La coproculture est habituellement réalisée sur selles liquides, molles, purulentes ou hémorragiques. Au mieux, bien sûr, avant toute antibiothérapie. Le patient autonome peut réaliser lui-même son prélèvement, dans un récipient propre. Les cultures doivent être ensemencées dans les deux heures suivant l'émission ou, à défaut, être conservées à +4°?C, pendant 12 heures au maximum.

L'EBS consiste à tenter d'isoler un nombre très limité d'espèces pathogènes parmi plus de 400 espèces différentes. Il convient donc de fournir au biologiste un minimum de renseignements cliniques.

L'EBS standard est coté B180.

Il comprend tout d'abord un examen microscopique direct.

Puis cultures sur milieux sélectifs : Salmonelles, Shigelles, Campylobacter et, le cas échéant, Yersinia : cette dernière identification est laissée à l'appréciation du biologiste sauf si le prescripteur l'a demandée explicitement. Pour toute autre bactérie, la recherche ne sera entreprise que s'il existe une prescription médicale spécifique (coproculture orientée : Plesiomonas shigelloides, Aeromonas, Vibrioparahaemolyticus, Vibrio cholerae, recherche de toxine de Clostricium difficile...).

Contrairement à l'examen parasitologique des selles, une seule coproculture suffit généralement à l'identification des bactéries les plus courantes ; en cas de négativité et de forte suspicion clinico-épidémiologique, un second examen pourra sensiblement améliorer le diagnostic.

Indications

L'EBS est essentiellement prescrit devant une diarrhée aiguë.
Une diarrhée aiguë est définie par l'émission d'au moins trois selles liquides et/ou molles par jour, depuis moins de 14 jours (OMS).
Mais toute diarrhée aiguë ne justifie pas une coproculture en pratique courante : en France, sur les 3 millions de patients consultant chaque année, seuls 3 à 4% se voient prescrire un EBS. Un agent non infectieux sera recherché avant tout par l'interrogatoire. La recherche d'un agent infectieux devant toute diarrhée aiguë représenterait un coût prohibitif pour un rendement de moins de 1%. La coproculture est l'examen le moins efficient de la bactériologie. Mais ces notions sont à atténuer fortement chez les patients revenant d'une zone tropicale.
Il n'y a pas lieu de prescrire un EBS devant une diarrhée chronique, sauf chez l'immunodéprimé.

Interprétation

Examen direct

Il permet :

• Identification (suspicion) -rare- de certaines bactéries à mobilité caractéristique (Campylobacter, Vibrio).
• Identification d'un déséquilibre de la flore, normalement constituée majoritairement de bacilles à Gram négatif.
• Identification de leucocytes, qui attestent de l'inflammation pariétale et oriente avant tout vers des germes entéroinvasifs ; l'absence de leucocytes ne saurait les exclure. Hématies : idem. En revanche, la présence de ces cellules incitent à procéder à une recherche très active et méticuleuse.

Coproculture

La présence de E. coli, même en grande quantité, ne doit pas être considérée comme pathologique. Les souches pathogènes de E. coli, sécrétrices de facteurs de virulence, et principale cause de la tourista, ne sont pas identifiables en routine.
Staphylococcus aureus peut être responsable de toxiinfection suraiguë et courte, lors de laquelle le germe n'est pas retrouvé à la coproculture. La présence de S. aureus dans les selles doit être a priori considérée comme un portage sain. Même remarque pour Klebsiella oxytoca, qui est un saprophyte de l'intestin. Néanmoins une très forte prédominance de l'une de ces deux espèces peut soulever la question de sa pathogénicité.
La présence de Candida albicans est aujourd'hui considérée comme non pathogène en soi, n'étant le plus souvent que le reflet d'un déséquilibre de flore.

Source principale : ANAES.

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